L’AMP comprende la prateria di Posidonia oceanica più estesa e meglio conservata del Mediterraneo (circa 7.700 ettari). Le Egadi sono un’area ad elevatissima biodiversità: tra le specie animali protette, è stata di recente documentata la presenza della rarissima foca monaca, specie simbolo del Mediterraneo, già data per estinta in Italia; presenti anche la tartaruga marina Caretta caretta, varie specie di cetacei (tursiopi, stenelle e capodogli), alcune specie di squali e una importante colonia dell’Uccello delle tempeste, uccello marino endemico del Mediterraneo. La fauna ittica è ricca e variegata. Citiamo, tra le specie più famose, la cernia bruna, la cernia di fondale, la corvina, l’ombrina, gli sparidi, tra cui il dentice e il sarago faraone, e la ricciola.

Nell’AMP si contano 76 siti di immersioni subacquee, superficiali (ma con presenze di eccezionale valore), o profonde, in grotta, o su siti archeologici sottomarini (le Egadi furono teatro della celebre battaglia navale tra romani e cartaginesi, in un’area situata a nord-ovest di Levanzo). Molto praticati sono lo snorkeling e il sea-watching guidato.